Rok 1942 bol pre Protektorát Čechy a Morava prelomovým. Došlo k zabitiu zastupujúceho ríšskeho protektora Reinharda Heydricha, za čo nasledovali kruté represie zo strany nacistických okupantov.
Svoj vplyv neskôr uplatnil štátny tajomník úradu protektora, pôvodnou profesiou kníhkupec, Karl Hermann Frank, ktorý sa chcel tvrdým postupom vyšvihnúť do najvyššej funkcie v protektoráte.
Plán na vyhladenie Lidíc Hitlerovi predložil hneď na Heydrichovom pohrebe v Berlíne, Hitler s podpisom neváhal.
Lidice boli vybrané v podstate náhodou, Stredočeská dedinka nemala s atentátom vôbec žiadnu súvislosť. Na vine je milostný list, ktorý sa dostal do rúk gestapa. Nálezcovi listu aj žandárstvu bol totiž pripadal podozrivý a považovali ho za odkaz jedného z odbojárov. To samozrejme nebola pravda, ako zámienka pre exemplárny trest to ale stačilo.
10. júna boli z Lidíc odvezené ženy a deti. Muži boli zhromaždení a postupne popravovaní, celkom zahynulo 173 mužov. Lidickému kňazovi Josefovi Štemberkovi nacisti ponúkli milosť, ktorú však neprijal a zomrel so svojimi farníkov.
K ďalším popravám došlo aj 16. júna v Prahe časti Kobylisy. Nacisti sa rozhodli popraviť aj 26 obyvateľov, ktorí v deň vyhladenie Lidíc boli mimo obce.
Z dediny nemalo zostať nič. Za osobného dohľadu K. H. Franka boli všetky budovy zapálené a zrovnané so zemou. 24. júna stretol rovnaký osud aj obec Ležáky.
Niektoré z lidických detí boli poslané k ponemčeniu, ale veľká časť z nich zahynula v tábore Chelmno.
Ženy boli odvezené do koncentračného tábora Ravensbrück.
Tento brutálny čin nacistov bol odsudzovaný po celom svete a dodnes je pripomínaný. Rad svetových miest nesie na pamiatku názov Lidice, objavuje sa dokonca Lidice ako krstné meno. Neďaleko pôvodných Lidíc bola v päťdesiatych rokoch postavená nová zástavba.