Inkvizícia vznikla pôvodne ako Rímska inštitúcia pre boj s „kacírstvom“, ale mala aj iný účel.
Pápež Gregor IX založil Rímsku inkvizíciu r. 1231 aj preto, aby vniesol poriadok a právny postup do boja s „nepriateľmi cirkvi“ v čase, keď náboženský fanatizmus dosiahol svoj stredoveký vrchol a nebolo nijako vzácnym javom, že sfanatizovaný dav na námestiach stredovekých miest upaľoval na hraniciach obvinených „kacírov“ bez akéhokoľvek vyšetrovania alebo súdu.
Okrem vlastného Rímskeho inkvizičného súdu bola pápežská kontrola inkvizície skôr formálna, počas celého obdobia svojej existencie bola inkvizícia pod rozlične účinnou kontrolou lokálnych cirkevných i svetských autorít, kráľov, kniežat, biskupov a súdov. Po tom, čo bol obvinený inkvizíciou vyhlásený za kacíra, bol väčšinou odovzdávaný na potrestanie kráľovským súdom a aj tie sa líšili tvrdosťou svojich trestov.
Svetské autority sa s inštitútom inkvizície vyrovnávali rôzne, od takmer úplného podriadenia sa autorite inkvizície a jej súdov, až po aktívny odpor. V druhej polovici 13. storočia, keď Rímska inkvizícia vyvrcholila, bola strata pápežskej kontroly nad inštitúciou inkvizície takmer úplná.
Španielska inkvizícia vznikla r.1478 ako pokus novospojeného Španielska, po svadbe Ferdinanda V. Aragonského a Izabelly Kastílskej, konvertovať Židov a Maurov a nábožensky zjednotiť nové spojené kráľovstvo. Konverzie prebiehali pod nátlakom a pod hrozbou exilu tých, kto konverziu odmietali. Tieto masové konverzie neboli v súdobej Európe unikátne svojím charakterom, ale rozsahom, dané veľkosťou židovskej a moslimskej menšiny.
S množstvom pod nátlakom a hrozbami novo pokrstených „conversos“ rástlo aj množstvo tých, ktorí svoju konverziu brali len ako záchranu pred exilom a potajomky zostávali u svojej starej viery. Pápež Sixtus IV. podľahol politickému nátlaku Ferdinanda a Izabelly, a podmienečne autorizoval vznik nezávislej Španielskej inkvizície, „pokiaľ jej bude potreba„.
Tým sa Rím prakticky vzdal kontroly nad inkvizíciou v Španielsku a tá zostala pod skutočnou kráľovskú kontrolou, jediným zvyškom pápežskej kontroly nad inštitúciou zostalo formálne vymenovanie Veľkého inkvizítora, navrhnutého kráľom.
R. 1480 došlo k tureckému útoku na juhotalianske Otranto a k masakru, v ktorom bolo zabitých 12 000 ľudí, a mnoho ďalších predaných do otroctva. Turci pozabíjali všetkých miestnych katolíckych kňazov a mníchov, vrátane arcibiskupa, ktorý bol mučený a nakoniec celý prerezaný pílou na dve polovice (krutosť a netolerancia rozhodne nebola len doménou Európy, ani kresťanstva).
Kráľovná Izabella poslala do Otranta španielsku flotilu, ale bolo zrejmé, že Turci sú schopní takých prepadov vo všetkých stredomorských pobrežných mestách. Rýchlo vznikla a šírila sa fáma, že silná Maurská (moslimská) a židovská menšina v Španielsku, (kde napríklad Granada bola moslimská až do r. 1492), je tureckou piatou kolónou a otvorí brány španielskych miest Turkom.
17 septembra 1480 Ferdinad a Isabella vymenovali prvých španielskych inkvizítorov, dvoch Dominikánskych mníchov, a dvoch úradníkov s pôsobnosťou v Seville. Skutočným a najznámejším organizátorom španielskej inkvizície bol Tomás de Torquemada (narodený r. 1420 v Torquemada, zomrel v Avile, r. 1498).
Kráľovská vláda sa pokúšala zaviesť inkvizíciu vo všetkých španielskych dŕžavách, ale vtedy španielske Holandsko dokázalo tlaku odolať a v roku 1510 boli so súhlasom pápeža Lea X. vyhnaní z Neapola kontrolovaného Španielskom inkvizítori dosadení madridskou vládou.
Hlavnou úlohou inkvizície sa stalo vyhľadávanie a odhaľovanie potencionálnych „zradcov„, skrytých nekatolíkov a počínala si síce tvrdo, ale v rámci súdobej Európy sa jej počínanie nejaví ako výnimočne kruté. Naopak, sú zdokumentované prípady, keď sa obvinení alebo odsúdení zo svetských zločinov, držaní v kráľovských väzniciach, úmyselne priznávali k priestupkom v právomoci inkvizičných súdov (zvyčajne rúhanie), aby boli odovzdaní inkvizícii, v ktorej väzniciach bolo s väzňami väčšinou zaobchádzané lepšie ako v kráľovských väzniciach a na kráľovských galejách. Trest mohol byť (po priznaní a prejavu účinnej ľútosti) relatívne ďaleko ľahší a mnohokrát sa od trestu upustilo úplne.
Inkvizičný tribunál nemal ako cirkevný súd jurisdikciu nad nekatolíkmi, to znamená, že tí ktorí sa hlásili k Islamu alebo židovskému náboženstvu sa nikdy nemohli stať jeho priamou obeťou. Protestanti, teda nekatolíci, takisto podliehali civilnej justícii a nemohli byť súdení inkvizíciou. Tí všetci podliehali civilným súdom a hlavne kráľovským výnosom o exile. Rovnako ako všade inde v Európe, vrátane Čiech, existoval aj v katolíckom Španielsku silný antisemitizmus, perzekúcie a vyháňanie Židov (u nás bolo kráľovských alebo cisárskych ediktov o vysťahovaní Židov vydaných niekoľko) boli bežným javom súdobej spoločnosti. V Španielsku sa to isté týkalo aj moslimských Maurov, ale od ostatnej Európy sa Španielsko líšilo opäť len množstvom postihnutých, nie tým, že by so židmi a moslimami bolo zaobchádzané horšie ako v iných krajinách. Španielska inkvizícia sa týkala hlavne tých „conversos„, ktorí, hoci sa stali nominálne katolíkmi, potajomky zostali verní svojmu pôvodnému náboženstva a boli preto obvinení z kacírstva, ktoré bolo vážnym zločinom v jurisdikcii inkvizície.
Inkvizičný tribunál sa od sekulárneho, kráľovského súdu líšil tým, že obžalovaný mal právo na právneho zástupcu, ktorý mu bol pridelený aj vtedy, kedy na neho sám obžalovaný nemal dosť finančných prostriedkov (!). Proces mal presnú procedúru, za falošná svedectvo boli prísne tresty , vrátane trestu smrti a aj mučenia, ktoré v tej dobe bolo normálnym, rešpektovaným a všeobecne používaným nástrojom vyšetrovania, podliehalo prísnym kontrolám a predpisom. Pred začatím formálneho vyšetrovania obžalovaný dostal 30 až 40 dní, počas ktorých mal o svojom údajnom previnení rozjímať, mohol buď odvolať, priznať svoju vinu a kajať sa, alebo pripraviť svoju obhajobu.
Vyšetrovaniu mali vždy byť prítomní dvaja neinkviziční kňazi ktorí mali dbať na dodržiavanie vyšetrovacích postupov. Ak sa pristúpilo k mučeniu (všeobecne uznávaná vyšetrovacia metóda súdobej justície), nesmelo trvať dlhšie ako pätnásť minút, lekár, na ktorého pokyn muselo byť mučenie zastavené, musel byť prítomný a obvinený nesmel byť mučený viac ako raz počas celého svojho vyšetrovania.
U sekulárnych súdov podobné pravidlá takmer neexistovali a mučenie bolo limitované len vôľou (alebo zlovôľou) vyšetrovateľov. Nemá cenu si nahovárať, že by snáď inkvizičný súd bol akceptovateľný dnešnými štandardmi, ale na svoju dobu bol ďaleko pred súdmi sekulárnymi. Aj počet odsúdených inkvizíciou k najvyšším trestom, zvyčajne smrti upálením, bolo ďaleko menší, než legendy naznačujú.
Je zdokumentované, že za 350 rokov existencie Španielskej inkvizície stálo pred inkvizičným tribunálom asi 50 až 60 tisíc osôb a k najvyšším trestom bolo odsúdených asi 2 až 3 tisíc obvinených. Rozhodne je ale pravdou, že španielska inkvizícia bola v neustálom konflikte s pápežmi, ktorí jej vyčítali prílišnú tvrdosť. Je pravdou, že častým motívom perzekúcie bol antisemitizmus a je pravdou, že inkvizícia bola typickým prejavom súdobej intolerancie a fanatizmu.
Aj pri maximálnom odhade troch tisíc obetí sa však toto číslo nedá porovnať s počtom obetí náboženskej intolerancie a perzekúcie v iných krajinách katolíckej aj protestantskej Európy (Židov vo všetkých európskych krajinách, hugenotov vo Francúzsku, protestantov v katolíckych krajinách, katolíkov v krajinách protestantských, a „čarodejníc“ nielen, ale najmä v protestantskej Anglicku a Nemecku) – len počet pre „čarodejníctvo“ upálených osôb, väčšinou žien (v Anglicku sa odhaduje až na 30000 a v Nemecku až na 150000), podáva obrázok väčšej krutosti a fanatizmu, než bolo súdobou normou.
Napriek tomu sa symbolom doby, jej netolerancie, fanatizmu a krutosti, stala práve Španielska inkvizícia. Jej „čierna legenda“ vznikla až takmer 100 rokov po jej založení, vznikla v čase protestantskej porážky, po víťazstve Karola V. v bitke pri Mühlberg.
V roku 1567 začalo to, čo by dnes bolo nazvané „propagandistická kampaň“, vydaním protikatolického pamfletu „A Discovery and playne Declaration of Sundry and subtill practices of the Holy Inquisition of Spain“, podpísaného mužom menom Montanus, ktorý sa v ňom predstavuje ako španielsky protestant a obeť inkvizície.
Počas jedného roka bol pamflet preložený z pôvodnej španielčiny do angličtiny, nemčiny, francúzštiny a holandčiny, a bol napodobňovaný množstvom ďalších podobných tlačovín. Stal sa bestsellerom v protestantskej Európe a mal len jeden problém, nebol pravdivý.
Dodnes nebol historický výskum schopný overiť existenciu muža menom Montanus a jeho opis inkvizičných tribunálov, procesov, praktík a mučiarní preukázateľne nezodpovedá skutočnosti a prezrádza autorovu neznalosť, alebo vedomú lož.
Celkovo sa dá povedať, že Španielsko v čase Inkvizície nebolo viac netolerantné ako iné krajiny súdobej Európy a metódy Inkvizícia neboli o nič krutejšie ako metódy iných súdobých inštitúcií náboženskej a sekulárnej justície. Naopak, cez všeobecne akceptovaný mýtus, boli často progresívnejšie.
Španielska inkvizícia sama bola ďaleko viac mocenským nástrojom kráľovskej a štátnej politiky, než produktom cirkevného fanatizmu, aj keď aj tento prvok je v nej bezpochyby prítomný. Napriek tomu sa legenda tajomných fanatických mníchov mučiacich svoje obete a masovo upaľujúcich kacírov a nepriateľov cirkvi, stala, vďaka jednému z prvých a najúspešnejších príkladov mediálnej manipulácie, strašiakom protestantskej Európy a v mnohých protestantských krajinách bola často ospravedlnením a zdôvodnením vlastné krutosti pri zaobchádzaní s príslušníkmi náboženských menšín.
Neskôr bola prevzatá ateistami a kritikmi katolíckej cirkvi a ako argument proti náboženstvu všeobecne a Rímsko-Katolíckej cirkvi zvlášť, prežíva a je citovaná ako historický fakt dodnes a bude zrejme žiť ešte veľmi dlhú dobu, možno navždy.